1986 yılında Silahlı Kuvvetler Askeri Mızıka Okuluna girerek müzik hayatına başladı. 1989 yılında kabul edildiği Hacettepe Üniversitesi Ankara Devlet Konservatuvarında ülkenin önde gelen sanatçı/eğitimcileri ile çalışma imkanı buldu. Müzik hayatını orkestra şefi, besteci ve akademisyen olarak sürdüren BAŞUĞUR, besteci yönüyle de özellikle çocuk ve gençlik koroları için eserler yazdı, ödüller aldı. 2003 yılında Dünya Askeri Bandolar Festivalinin organizasyonunda görev aldı. 2010 yılında NATO’nun sağladığı özel bütçe ile Ankara’da “Terörizmin Olumsuz Etkilerine Karşı Müzikle Terapi” adlı uluslararası bir sempozyum düzenledi.

2015 yılında “Dünya&Avrupa Bakır Nefesli Çalgılar Birliği”nin Türkiye koordinatörü oldu. Birliğin Türkiye’deki ilk etkinliği olan Ankara Bakır Çalgılar Haftası (Ankara Brass Week) organizasyonunu ve müzik direktörlüğünü üstlendi. Bu kapsamda, 2019-2020 yıllarında çeşitli ülkelerde düzenlenecek olan “Dünya&Avrupa Bakır Nefesli Çalgılar Birliği etkinliklerinde orkestra şefi olarak davet edildi. Ayrıca Bohemya Senfoni Orkestrası ile Prag’da ve Roma’da orkestra şefi olarak ülkemizi temsil edecek olan sanatçı, yurt içinde çeşitli orkestraların yanı sıra, Trakya Oda Orkestrası ile konuk şef olarak konserler vermektedir. İlker Deniz BAŞUĞUR halen Müzik ve Güzel Sanatlar Üniversitesi ve Hacettepe Üniversitesi Devlet Konservatuvarında öğretim üyesi olarak çalışmalarını sürdürmektedir.