Müzik Teorisi bölümü; gelenekten günümüze var olan zamanda farklı müzik teorilerinin temelini oluşturan bilgileri öğretmenin yanında düşünmek için aklın eğitilmesini; araştırmaya, kıyaslamaya, var olan sorunlarda çözüm üretimine, uygulamaya, teorilerin gelişimine ve bunları ilmi ortamda değerlendirilmesine yönelik altyapı kazandırmayı amaçlamaktadır. Bunun yanında, müzik teorisi alanında ifade özgürlüğüne sahip, geleneği unutmayan ama ilmi ilerleme ve değişimlere açık, bilginin yanında tecrübe birikimiyle bölümde görev alan akademisyenler sayesinde teorisyen ve eğitimci akademisyenler yetiştirmeyi görev edinmektedir.

Günümüz müzik eğitim anlayışının ortaya çıkmasına vesile olan veya geçmişten günümüze var olmuş teorilerin farkında olarak yeni teorilerin ortaya çıkmasını sağlayacak, çağdaş eğitim-öğretim yöntemlerinin kullanıldığı bir oluşum içinde müzik teorileri alanında disiplinler arası bütünleşmenin de imkanlarını araştırarak Türkiye’nin müzik teorisi ihtiyacını karşılamak ve bunu uluslararası seviyeye taşıyabilecek bir eğitim düşüncesine sahip olmak; müzisyenin, kültürel değerlerine sahip çıkmasını sağlayan, alanındaki konumunu ve işlevini güçlendirmek maksatlı ilmi yöntemler eşliğinde bir eğitim sağlamak, her şeyden önce aklın ve düşünce yöntemlerinin öğretilmesini ifade özgürlüğüyle sağlamak, müzik teorisine katkı sağlayacak yeni yöntemler ve yaklaşımlar için ortam oluşturmaktır.